První písemná zmínka o obci pochází již z roku 1361, kdy byl majitelem vsi Zdeněk z Vlkanova a Herštejna, jehož erbovní znak „Jelen“ je možné dodnes spatřit na dochované pečeti z téhož roku uložené v erbovní galerii na německém hradu Lauf u Norimberka.
Před husitskými válkami náležela ves k majetku kláštera v Pivoni a od roku 1537 k panství poběžovickému. V roce 1850 se Vlkanov stal samostatnou obcí v okresu Horšovský Týn a tou zůstal až do roku 1960.
Zápis z roku 1654 uvádí, že bylo v obci v té době celkem 14 hospodářství. Počet domů a obyvatel s dobou vzrůstal, takže například v roce 1839 zde stálo již 28 domů, včetně dvou hostinců, trafiky, dvou kramářství a třech menších podniků na zpracování živce, s 357 obyvateli. Existoval zde již také hasičský sbor a roku 1898 byl založen zemědělský spolek. V roce 1939 byla celá obec elektrifikována.
V říjnu roku 1938 se obec stala součástí Sudet a až do roku 1945 byl užíván úřední název obce Wilkenau. Po osvobození byla obec osídlena českým obyvatelstvem, především pak z nedalekého Postřekova a Dílů.
Známá je i vlkanovská rasovna. Zmiňuje se o ní ve svém díle i katolický kněz a spisovatel Jindřich Šimon Baar. Místní hyclík (ras) byl v polovině 19. století vyhlášen tamějším léčitelem. Navštěvovali ho lidé ze širokého okolí, mezi něž patřila i spisovatelka Božena Němcová, která v té době na domažlicku pobývala.
Po roce 1945 měla obec svůj Národní výbor, který ale postupně slučováním obcí přešel pod Nový Kramolín a následně pak pod Poběžovice. V roce 1990 se obec Vlkanov znovu osamostatnila a má nyní svůj vlastní obecní úřad.
Od roku 1945 byla zemědělská půda obce obhospodařována asi z poloviny soukromníky a státním statkem. V roce 1950 bylo ze soukromníků v rámci kolektivizace zemědělství založeno JZD, které zde fungovalo až do roku 1964, kdy také tuto oblast státní statek převzal. V dnešní době je zemědělství spravováno společností POZEP a soukromým zemědělcem, panem Petrem Zemkem.
